Незважаючи, що село засноване у ІХ чи ХІІ століттях, про нього перша письмова згадка датована 1562 роком. Найбагатшим з власників землі тут був рід поміщиків Прушинських, вони мали за сучасними мірками близько 6 тисяч гектарів грунтів. При згадці у другому томі М. Теодоровича "Історико-статистичний опис церков і приходів Волинської єпархії" за 1888 рік, зазначено, в селі на той час було 126 дворів і 1079 прихожан.

   У середині грудня 1943 року німяцми було знищено майже усе село Пустомити. У середині січня 1944 року Пустомити визволені від німців військами Червоної армії.

   У 1949 році в пустомитах заснувався колгосп з назвою імені молотова. А на початку 50-х років його приєднали до Малатинського, назвавши іменем сталіна. А в період боротьби за незалежність України, сільськогосподарське підприємство назвали "Полісся".

Село належало у 2000 році до Малатинської сільради. На той час у Пустомитах налічувалося 162 двори, де проживало 435 чоловік.